O dotychczasowym niegowickim kościele i parafii praktycznie do połowy XVIII w. niewiele wiadomo. W 1748 r. miała miejsce biskupia wizytacja i inwentaryzacja kościoła w Niegowici. Zgodnie z opisem kościół był drewniany, kryty gontem, a sufit i posadzka były zrobione z desek. Budynek wieńczyła wieżyczka z sygnaturką. Ogólny stan świątyni był bardzo zły i groził zawaleniem. W tym czasie parafia liczyła ponad 3300 wiernych.

W czasie procesji Bożego Ciała w roku 1761 spod dworu w Niegowici wystrzelono race z armaty, tzw. wiwatówki, od których zajęły się strzechy kilku chałup, a następnie kościół. Kościół spłonął, ale udało się wynieść czczony do dziś obraz Matki Bożej Niegowickiej z roku 1610. Poczuwając się do winy, budowę nowego kościoła finansowała Teresa Grzębska, właścicielka majątku w Niegowici i Marszowicach. Budowa trwała bardzo długo, bo od 1771 do 1788 r. Skromna świątynia również była drewniana, natomiast murowaną dzwonnicę przy kościele wybudowano w roku 1819; po ok. stu osiemdziesięciu latach została odnowiona. Obecnie znajdują się tam dzwony z 1846 r.

Ukończony w roku 1788 drewniany kościół służył do lat 50. XX w., a w roku 1973 rozebrano go i przeniesiono do Mętkowa k. Chrzanowa.

Ze starego kościółka, pozostał barokowy, słynący łaskami obraz Matki Bożej Wniebowziętej. W 1860 roku na wizerunek nałożono drewnianą, posrebrzaną sukienkę, a w 1918 roku srebrną, jako wotum wdzięczności za odzyskanie niepodległości.
Obraz odnowiony w 2008 r. przez włoskiego artystę Renato Tarlariniego znajduje się w ołtarzu głównym obecnego kościoła. Niegowicki wizerunek Matki Bożej Wniebowziętej został ukoronowany 28 sierpnia 2022 r.